Ce phénomène peut affecter la qualité de l'eau et l'écosystème du cours d'eau concerné. Les propriétaires de centrales hydroélectriques doivent, de par la loi, empêcher les modifications artificielles à court terme du débit d'eau (éclusées) qui portent atteinte de manière significative à la faune et à la flore indigènes ainsi qu'à leurs habitats.
Il y a atteinte importante lorsque le débit d'éclusée est au moins 1,5 fois plus élevé que le débit plancher et que, simultanément, la quantité, la composition et la diversité des biocénoses végétales et animales adaptées au site sont modifiées de manière préjudiciable. Les installations existantes provoquant des éclusées doivent être assainies d'ici au 31 décembre 2030. L'Office fédéral de l'environnement (OFEV) a publié en 2017 une aide à l'exécution intitulée "Mesures contre les éclusées". Les propriétaires de petites installations hydrauliques doivent vérifier si les indicateurs suivants se situent dans la zone verte :
- échouage de poissons
- Zones de frai des poissons
- Adéquation de l'habitat des poissons
- Adéquation de l'habitat du macrozoobenthos
- Température de l'eau
Selon l'état des indicateurs, différentes mesures sont prises - sur la base de différents scénarios.