En principe, les coûts de production de la petite hydraulique dépendent de nombreux facteurs: en particulier de la puissance et de la hauteur de chute utilisable, mais aussi de la variabilité du débit, de la géologie/hydrogéologie, de la qualité de l'équipement, de l'accès, des exigences supplémentaires, des synergies, etc. Chaque petite centrale hydraulique est unique et les coûts de production varient fortement d'un projet à l'autre.
La petite hydraulique est une technologie très durable avec de nombreuses composantes structurelles. Si l'on considère une durée de vie similaire à celle d'un bâtiment, soit cinquante ans et plus (pour les grandes centrales hydrauliques, on considère généralement quatre-vingt ans), les coûts de production sont très compétitifs. Si la durée de vie est réduite à la durée de la concession (c'est-à-dire à vingt-cinq ans) ou moins, les coûts augmentent en conséquence.
Il faut également tenir compte du fait que la petite hydraulique, grâce à son fonctionnement régulier et à sa bonne prévisibilité, entraîne beaucoup moins de coûts du côté du réseau: pas de stockage, moins de capacité réseau requise et moins de besoin en énergie de compensation. Ces facteurs entraînent des coûts élevés qui sont négligés dans l'affirmation initiale.
